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賃金を減額する一つの方法として、 就業規則や就業規則が引用する賃金規程を変更することで賃金を減額するという方法があります。
従業員全体の賃金を変更する場合には、この方法によることが一般的です。

ただし、労働条件の不利益的変更に当たりますので、賃金の減額が合理的なものでなければなりません。（労働契約法１０条）
しかも、賃金は、雇用契約上、最も基本的でかつ重要な変更となりますので、合理性の判断は、会社の経営状況、人件費の割合、労働組合との交渉等に照らして、慎重にすべきだと考えられております。従業員の整理解雇（リストラ）ほどではないですが、賃金減額が合理的だと判断されるハードルは高いとお考えください。

したがって、従業員の賃金を減らさなければならない理由を、会社の経営状況を会社の決算書や帳簿などの客観的資料から、検討した上で、労働者に対して、理解を求める交渉をし、検討結果や交渉経過を書面として残しておく必要があります。

賃金減額の合理的の判断は、最終的には、法律判断となりますので、弁護士にご相談されることをお勧めします。

職能資格制度を採用されている会社の場合には、 係長などの職位を低下させる「降格」や、資格や等級を低下させる「降級」をすることで、役職手当や職能給が減額するという方法もあります。

「降格」の根拠となる人事評価には、使用者側に広い裁量がありますが、裁量権の逸脱・濫用とみられる事情がある場合には、違法となる場合もあります。そこで、成績や問題のある行為などの客観的資料に基づいて検討し、検討した結果の書面を作成した上で、降格をおすすめします。

これに対して、「降級」については、降級が可能であるとする就業規則が必要となると考えられています。なぜならば、職能資格制度は、従業員が長年就業し、技能や経験の蓄積により昇級していくという理念を持つ制度であり、技能や経験が減退することは通常考えにくい以上、降級は制度が想定していないといえるからです。
したがって、「降級」をされる場合には、成績の著しい不良など就業規則が定めた降級可能な場合にあたることを客観的資料に基づいて慎重に検討した上で、検討した結果の書面を作成することをおすすめします。

「降格」における裁量権の逸脱濫用の有無や、「降級」における降級事由の存在は、最終的には、法律判断となりますので、処分をされる前に、弁護士にご相談されることをお勧めします。

労働者との間で、直接賃金の減額の合意をすることも可能です。

しかし、賃金の減額は、不利益変更に当たりますから、労働者の自由な意思に基づく真の合意がある必要があります。そして、賃金の減額は、非常に労働者に対する影響が非常に大きいですから、例えば、「賃金の減額に同意します」といった書面を取ったとしても、裁判所は、簡単には、労働者の自由な意思を認めないといわれています。

したがって、労働者との合意で賃金の減額をすることは、あまりお勧めできません。

従業員が非違行為をした場合には、 懲戒処分に基づき減給処分をすることができます。

なお、懲戒処分をするには、就業規則に懲戒処分として減給処分ができることが定められ、かつ労働者の行為が懲戒事由にあたることが必要になります。また、減給処分が、懲戒権の濫用（労働契約法１５条）にあたらないことが必要です。

懲戒処分は、あくまでも、従業員の非違行為に対する処分ですので、会社の経営難を理由とする懲戒処分はできません。