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当然ではありますが、これを忘れていると、最後に会社のお金を大量に持ち逃げされる可能性があります。

本人の謝罪文などで、いつ、どのように、いくらの金額を、どうやって持ち出したか、持ち出したお金をどのように使ったかを詳しく確認する必要があります。また、周囲の社員が知っていたかどうか、使い込んだ社員の様子（金遣いが荒くなったなど）を報告書の形式で報告させましょう。
さらに、使い込んだお金の金額が分かる通帳、帳簿、小切手、支払明細等の資料は確実に確保しておく必要があります。
こういった証拠がなければ、刑事上、民事上、労働関係上の問題のいずれにも対応できない可能性が出てきますので、注意が必要です。

社員のお金の使い込みは、業務上横領などに当たる立派な犯罪です。
そのため、他の社員の手前、甘い処分ができない場合には、刑事上の問題にすることが考えられます。
ただ、警察も、犯罪の発生を知らなければ捜査できませんので、刑事上の問題にするときは、まず警察に被害届を出したり、証拠を提供することが必要になってきます。
警察が被害届を受け取ってくれない場合には、被害届ではなく、告訴状を持って行く方法も考えられます。
ただし、このような対応をして、使い込みをした社員が逮捕されてしまった場合には、その社員の資力がなくなり、事実上使い込んだお金が返済されずに終わってしまう可能性もありますので、注意が必要です。

民事上の問題とは、端的に言うと、 使い込まれたお金をどうやって返してもらうかといったことです。
お金を使い込んだ社員は、手元にお金がないからこそ使い込んだ可能性が高いと考えられます。そういった場合、使い込みをした社員が、使い込みを認めてもお金がないから返せないという話をする可能性があります。
本当に一銭もなければどうすることもできない場合もありますが、財産がありそうだけれどもお金がないと言っているような場合であれば、裁判を起こし、勝った上で、強制執行手続（差押えなど）を行うことになります。

労働関係上の問題としては、 使い込みをした社員をどう処遇するかといったことが挙げられます。
使い込みをした社員がいた場合、当然、即刻解雇したい、給料や退職金を支払いたくない、といったことが人情ではないかと思います。
しかし、労働関係においては、当然に即時解雇したり、給料や退職金を支払わなくてもいいということにはなっていません。

まず、解雇できるかどうかですが、使い込みをした社員であれば、 特別な理由でもない限り、懲戒解雇が認められる場合の方が多いと思われます。
ただし、懲戒解雇をする場合には、就業規則に懲戒解雇の規定が書かれていることが必要となります。
また、懲戒解雇の規定が書かかれているだけではなく、懲戒解雇の手続（使い込みをした社員に弁解の機会を与えるなど）を行う必要があります。そのため、就業規則を確認する必要があります。
就業規則がない、就業規則に懲戒解雇の規定がないといった場合には、使い込みをした社員と話して、即時に退職をする合意を書面で取り交わして雇用関係を終了するといった方法も考えられます。

給料は、 それまで働いた分については、原則として支給する必要があります。そのため、使い込みをした社員がいるからといっても、給料を支払わなくてもいい訳ではありません。
支払わない方法としては、使い込みをした社員は、その金額を会社に返す必要がありますので、使い込んだ金額と給料額を対当額で相殺する合意を書面でとっておくということも考えられます。

退職金の支給ですが、就業規則に退職金規定があるなど、 退職金を支払うしくみのある場合には、支払う必要があります。
ただし、退職金を支払う規定に加えて、懲戒解雇のときなどに退職金を支給しないといった規定があれば、退職金を支給しないことも可能です。
そのため、そもそも退職金を支給する規定があるか、支給する規定があるとして、一定の場合には退職金を支払わなくてもいい規定か、といったことを確認しましょう。
退職金を支給する規定があった場合でも、社員が使い込んだ額の返済義務と対当額で相殺する合意をすることで、実質的には退職金を支給しないで済ませる方法も考えられます。

付随的な問題ですが、社員が会社のお金を使い込んだ場合、その使い込まれたお金は会社の損害となります。
ただし、会社には、使い込んだ社員に対して損害賠償をすることができますので、損害賠償請求権が会社の財産として存在することになります。
ですから、単純に使い込みがあったというだけで、会社の損害として損金に計上できるとは限りません。
使い込みをした社員に財産がなければ、どこかの時点で損金扱いにできると思われますが、それがいつになるか不明確なところがあります。
ただ、損金として計上すれば、黒字の会社であれば税金が少なくて済む場合がありますので、試してみた方がいいでしょう。